Celem Polskiego Towarzystwa Proteomicznego jest integracja środowiska naukowców wykorzystujących narzędzia proteomiczne w swojej codziennej pracy oraz stworzenie jej wspólnej reprezentacji na  zewnątrz, a także wspieranie rozwoju oraz popularyzacja zagadnień proteomiki. Interdyscyplinarny charakter badań proteomicznych pozwoli na integrację środowisk medycznych, weterynaryjnych, rolniczych, itp. Towarzystwo działa jako forum dyskusji i współpracy wszystkich naukowców wykorzystujących narzędzia proteomiczne w toku swoich badań, zarówno w badaniach podstawowych, jak i zastosowaniach praktycznych.